Esta capela ficou pronta em 1796, depois de disputas jurídicas e paralisações devido a Seca dos três setes (1777) e também a seca de 1793. A primeira imagem de São Francisco, que veio de Portugal, é mais conhecida como São Francisquinho.

O sargento-mor português Francisco Xavier de Medeiros, estabeleceu-se às margens do rio Canindé e, logo depois, iniciou a construção de uma capela em honra a São Francisco das Chagas, que é o marco histórico e religioso de Canindé. A construção do templo atual foi encarregada ao arquiteto italiano Antonio Mazzoni.

Nas operações de reforma da igreja erguida por Francisco Xavier, tenente-general Simão Barbosa Cordeiro e demais fazendeiros vizinhos, um operário que trabalhava na torre despencou-se dali a baixo, gritando por São Francisco das Chagas, obteve a graça de ficar à ponta de uma trave, salvando-se de morte certa e horrível. O fato constitui num autêntico milagre e célebre, correu o mundo a fora na boca do povo. Até trovadores surgiram cantando o feito milagroso. E a fama do santuário penetrou pelos sertões atraindo milhares de forasteiros de todas as paragens que vinham na busca de curas milagrosas.

Iniciando o século dezenove, já eram tradicionais os festejos do santo franciscano. O povo de Canindé resolve, então, enviar uma súplica ao senado da Câmara da Vila de Fortaleza de Nossa Senhora da Assunção, no sentido de que, sem mais demora, fosse criada uma freguesia, logo foi nomeado primeiro Vigário, escolha que recaiu no virtuoso padre Francisco de Paula Barros, que já servia na capela. Diante no natural desenvolvimento do povoado, conquistado somente com o paroquiato. A aspiração da criação da vila veio aos 29 de julho de 1846.

Em 1914 São Francisco das Chagas de Canindé foi elevado à categoria de cidade com o nome Canindé, e no mesmo ano são criados 3 distritos: Caiçarinha, Jatobá e São Gonçalo, mas Caridade foi rebaixada para povoado.

O último distrito a ser anexado, em 2005, foi Salitre. Atualmente, Canindé possui 11 distritos, sendo eles Bonito, Campos, Caiçara, Capitão Pedro Sampaio, Esperança, Iguaçu, Ipueiras dos Gomes, Monte Alegre, Salitre e Targinos.

Atualmente, Canindé recebe milhares de devotos de São Francisco de Assis todos os anos. O fluxo é maior de agosto a dezembro, quando é tempo de alta estação. Não é por acaso que a cidade possui uma das maiores romarias franciscanas das Américas. “Canindé existe porque existe São Francisco”, define Plínio Gomes , secretário do Turismo da cidade.